Acusado de carecer de «idoneidad moral» para ejercer el cargo por diversas causas penales abiertas en su contra, Echegaray había sido suspendido en sus funciones luego de planteo judicial presentado por los diputados de la Coalición Cívica-ARI Elisa Carrió y Fernando Sánchez, que fue ratificado en junio último por la Cámara en lo Contencioso Administrativo Federal.
El suspendido funcionario está procesado por el juez federal Claudio Bonadio por los presuntos delitos de violación de secretos y falso testimonio en 2014, contra el ahora ministro de Hacienda Alfonso Prat Gay.
Además, Echegaray fue imputado e indagado por la presunta protección que la AFIP le dio al detenido empresario Lázaro Báez y también quedó imputado en la causa que investiga la retención indebida de 8.000 millones de pesos del impuesto sobre los combustibles líquidos por parte del Grupo Indalo, encabezado por Cristóbal López.
Además, el fiscal federal Jorge Di Lello pidió su indagatoria en la causa por la compra de la imprenta Ciccone, en la que, entre otros, está procesado el ex vicepresidente Amado Boudou.
Echegaray le envió una nota al titular del Partido Justicialista, José Luis Gioja, poniendo a disposición su cargo para que el partido designe un reemplazante.
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Por mandato constitucional, la presidencia de la AGN le corresponde a la principal fuerza de la oposición, actualmente el Partido Justicialista, que deberá ahora nombrar al reemplazante de Echegaray.